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生物学论文_基于TCGA数据库分析肝细胞癌预后相

来源:肿瘤药学 【在线投稿】 栏目:期刊导读 时间:2021-10-26

【作者】:网站采编
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【摘要】:文章摘要:[目的]旨在探讨可变剪切(Alternative Splicing,AS)事件与肝细胞癌(Hepatocellular Carcinoma,HCC)预后的相关性,构建肝细胞癌患者预后模型,寻找HCC患者预后的生物标志物。[方法]主

文章摘要:[目的]旨在探讨可变剪切(Alternative Splicing,AS)事件与肝细胞癌(Hepatocellular Carcinoma,HCC)预后的相关性,构建肝细胞癌患者预后模型,寻找HCC患者预后的生物标志物。[方法]主要分析了来自癌症基因图谱(TCGA)数据库的肝细胞癌RNA-seq数据与临床样本数据以及来自于TCGA-Splice Seq数据库的HCC可变剪切数据。采用单因素cox回归分析HCC中与预后相关的可变剪切事件。计算HCC患者AS事件风险值,构建HCC患者预后模型,并分析HCC患者的独立预后因素。结合RNA-seq数据提取HCC患者样本中剪切因子(Splicing Factor,SF)的表达量,构建AS与SF之间的调控网络。筛选高风险可变剪切基因中的关键调控SF,分析关键SF与HCC预后的关系。[结果]在HCC患者中,ISOC2、ARID1A、CRELD1的外显子跳跃等都是与HCC患者预后高度相关的AS事件。AS事件风险值低的患者预后显著优于AS事件风险值高的患者,且AS与SF之间的调控网络表明SF在调控网络中的调控具有多样性。[结论]HCC中AS事件的风险值可以作为独立预后指标。HCC预后有关的关键AS基因ISOC2、ARID1A、CRELD1与剪切因子SNRPB、SNRPF、CPSF6均可能成为HCC治疗的潜在靶点。

文章关键词:

论文DOI:10.16519/j.cnki.1004-311x.2021.05.0068

论文分类号:R735.7;Q811.4

文章来源:《肿瘤药学》 网址: http://www.zlyxzz.cn/qikandaodu/2021/1026/1567.html

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